Optibrium은 오늘 컴퓨터 보조 분자 설계 저널에 동료 검토 연구 결과를 발표했다고 발표함. 이 연구는 '구조 기반 포즈 예측: 비유사 도킹을 매크로사이클 리간드로 확장'이라는 제목을 가짐. 이 논문은 Surflex-Dock이 매크로사이클을 포함한 알려지지 않은(비유사) 리간드의 결합 형태와 방향(포즈)을 정확하게 예측할 수 있음을 보여줌.
분자 도킹은 단백질의 알려진(유사) 리간드를 재도킹하는 비교적 쉬운 과정으로, 매우 높은 성공률을 보임. 그러나 실제 응용에서는 후보 리간드의 결합 모드를 예측하는 것과 같은 알려지지 않은 결합 파트너가 조사됨. 이러한 시나리오에서 결합 상호작용을 예측하는 것을 비유사 분자 도킹이라고 하며, 일반적으로 성공률이 훨씬 낮음. 비유사 도킹은 매크로사이클 화합물의 크기와 유연성 때문에 특히 도전적임.
약 1000개의 리간드 데이터 세트를 사용하여, 이 연구는 비매크로사이클 및 매크로사이클 리간드의 비유사 결합을 예측하기 위해 다양한 분자 도킹 방법을 비교함. Surflex-Dock 방법을 사용하여, 두 개의 상위 예측 중 올바른 포즈가 80%의 경우에 식별되었으며, 이는 특히 매크로사이클 리간드에 대해 AutoDock Vina 및 Gnina에서 관찰된 것보다 훨씬 높은 성공률임. 사실, Optibrium의 방법의 비유사 매크로사이클 도킹 성능은 다른 보고서의 유사 비매크로사이클 소분자 도킹과 경쟁할 수 있음.
복잡한 도킹 시나리오에 대한 Surflex-Dock의 뛰어난 성능을 보여주는 것 외에도, 이 논문은 커뮤니티가 실제 분자 설계 응용 프로그램에서 다른 방법의 성공을 판단할 수 있는 기준을 제공함.
이 논문은 매크로사이클 리간드의 형태와 방향 예측에 대한 매우 정확한 결과를 처음으로 보고하며, 이는 다양한 비매크로사이클 리간드에 대해 보여준 정확성과 일치함. 특히, Surflex-Dock의 성능을 특징짓는 결과는 매크로사이클에 대한 경험이 없는 단백질 구조의 집합체로 달성됨. 비유사 도킹에 대한 새로운 기준을 설정하며, 우리의 연구는 Surflex-Dock이 매크로사이클 및 소분자 모달리티를 개발하는 화학자들을 위해 이 분야를 선도하고 있음을 강조하며, Optibrium의 BioPharmics 플랫폼을 매크로사이클 치료제를 개발하는 데 유효하다는 것을 검증함.
Ann Cleves, BioPharmics 부서 응용 과학 부사장
Surflex-Dock 분자 도킹 방법에 대해 더 알고 싶음?
11월 14일, 이 논문의 저자 중 두 명인 Ajay Jain과 Ann Cleves가 Surflex-Dock 방법에 대한 최신 개발 사항을 논의할 예정임. 그들은 다양한 도킹 예제를 다루며 Surflex-Dock의 실제 작동을 시연할 것임.
